در دنیایی در حال مرگ که وحشت حرف اول را می‌زند، جاه‌طلبی‌های انسان و الهیون، جنگی عظیم را به راه می‌اندازند. ناهوبینو، موجودی که نه انسان است، نه الهه، به همراه دوستانش باید تصمیم بگیرد که آیا دنیا ارزش نجات دادن و فدا کردن همه چیز را دارد یا نه. در دنیایی که خالقش را از دست داده است، شما چه سرنوشتی را انتخاب می‌کنید؟

داستان بازی Shin Megami Tensei V درباره قهرمان جوانی است که روزی، هنگام بازگشت به خانه در توکیو، به دلیل بسته شدن راه به خاطر یک قتل، از بیراهه‌ای می‌رود و در پی اتفاقی، در زیر آوار دفن می‌شود.

هنگامی که او به هوش می‌آید، توکیو متحول شده است و آخرالزمانی به نام داآت، در جریان است. قبل از اینکه شیاطین خون‌خوار، جان او را بگیرند، موجودی او را نجات می‌دهد و با او ترکیب می‌شود تا موجودی جدید به نام ناهوبینو خلق شود که نه انسان است، نه الهه. با این قدرت جدید، قهرمان بازی در دنیای داآت که توسط شیاطین و هیولاهای بی‌رحم تسخیر شده است، باید زنده بماند.

قهرمان بازی Shin Megami Tensei V، باید با شکست دادن دشمنان و شیاطین، پاسخ به سوالات خود را پیدا کند و توکیو را از نابودی نجات دهد.

قهرمان بازی Shin Megami Tensei V، یک نوجوان کلاس سوم دبیرستان است که به خواندن علاقه دارد و پس از زنده ماندن از ریزش یک تونل، باید در توکیو آخرالزمانی زنده بماند. آئوگامی، موجود مرموزی است که جان قهرمان را از دست شیاطین نجات می‌دهد و با او ترکیب می‌شود تا موجود جدیدی به نام ناهوبینو خلق شود. اکنون سرنوشت این دو به هم و سرنوشت توکیو به این دو وابسته هستند.